संचालन के दौरान CO2 का अधिक उत्सर्जन अधिकांश डीजल जनरेटर्स की विशेषता है, जिसके कारण डीजल जनरेटर्स को स्वच्छ ऊर्जा के विपरीत माना जाता है। ग्लोबल वार्मिंग पर डीजल जनरेटर्स का प्रभाव अत्यधिक है। डीजल जनरेटर्स का ईंधन हाइड्रोजन है। डीजल के विपरीत, हाइड्रोजन अपशिष्ट उत्पाद के रूप में CO2 के बजाय पानी उत्पादित करता है। कार्बन-तटस्थ ऊर्जा प्राप्त करना हाइड्रोजन के साथ संभव है। उद्योग हाइड्रोजन जनरेटर्स का उपयोग अपने कार्बन फुटप्रिंट को कम करने के लिए कर सकते हैं। इनका उपयोग कारखानों में बैकअप बिजली के साथ-साथ ऑफ-ग्रिड ऊर्जा प्रणालियों में भी किया जा सकता है। ये जनरेटर्स यह सुनिश्चित कर सकते हैं कि वातावरण में कोई कार्बन न जोड़ा जाए। अधिकांश पारंपरिक ऊर्जा विकल्पों की तुलना में यह इन जनरेटर्स का एक महत्वपूर्ण लाभ है।

वे सौर या पवन ऊर्जा के माध्यम से इलेक्ट्रोलिसिस द्वारा उत्पादित हरित हाइड्रोजन का उपयोग भी कर सकते हैं। इससे एक बंद, स्थायी ऊर्जा लूप बनता है। सौर और पवन ऊर्जा स्वच्छ, यद्यपि अनियमित, स्रोत हैं जिनका उपयोग हाइड्रोजन उत्पादन के लिए किया जाता है, जिसे फिर हाइड्रोजन जनरेटर द्वारा स्थिर बिजली में परिवर्तित किया जाता है। इससे भंडारण में होने वाली हानि स्थिर रहती है और ऊर्जा हानि की पूरी श्रृंखला जीवाश्म ईंधन मुक्त बनी रहती है। वे क्षेत्र जो नवीकरणीय ऊर्जा या हाइड्रोजन जनरेटर का पूर्ण उपयोग करना चाहते हैं, वे अनियमित हरित ऊर्जा को सुरक्षित और विश्वसनीय तरीके से दैनिक आपूर्ति में एकीकृत करने में सहायता करते हैं।
हाइड्रोजन जनरेटरों में कम शोर और न्यूनतम कंपन का लाभ होता है। नियमित जनरेटर, विशेष रूप से डीजल वाले, काम करते समय ज़ोर का शोर और बहुत बड़े कंपन पैदा करते हैं, जिसके कारण वे शहरी क्षेत्रों, आवासीय इलाकों या संवेदनशील पर्यावरण वाले स्थानों के लिए अनुपयुक्त होते हैं। उन जनरेटरों को इस प्रकार डिज़ाइन किया गया है कि शोर और कंपन बहुत कम हो। इसीलिए वे उन परिस्थितियों के लिए आदर्श हैं जहाँ शांत ऑपरेशन की आवश्यकता होती है, जैसे शहरी बैकअप बिजली प्रणाली, अस्पताल और आवासीय समुदाय। वे शोर और कंपन प्रदूषण को कम करके पर्यावरण में सुधार करने में सहायता करते हैं।
नवीकरणीय ऊर्जा विकल्पों की बात आने पर, हाइड्रोजन ईंधन जनरेटर के माध्यम से उत्पादित ऊर्जा के प्रदर्शन पर ध्यान देना आवश्यक है। ऊर्जा ट्रांसफॉर्मर का आकलन करते समय ईंधन जनरेटर ईंधन दक्षता बढ़ाने के लिए उपलब्ध नवीनतम तकनीक का उपयोग कर सकते हैं। उदाहरण के लिए, नवीनतम हाइड्रोजन ईंधन जनरेटर इतने दक्ष हैं कि वे स्थिर जनरेटरों की तुलना में अपने संचालन के दौरान ऊर्जा की हानि करते हुए हाइड्रोजन ईंधन ऊर्जा के एक बड़े भाग को बिजली में परिवर्तित करते हैं। सुधरी हुई दक्षता बिजली उत्पादन के लिए आवश्यक ईंधन की मात्रा में कमी को सक्षम करती है। हाइड्रोजन ईंधन की यह दक्ष खपत वर्तमान आर्थिक वातावरण में आदर्श है जहां व्यवसाय और उद्योग लागत कम करने की कोशिश कर रहे हैं। हाइड्रोजन ईंधन की यह दक्ष खपत संसाधन अनुकूलन के उद्देश्य से रणनीतिक ऊर्जा उपयोग को भी बढ़ावा देती है।