किसी अन्य जटिल मशीनरी की तरह, बायोगैस जनरेटर सेट कुछ समस्याओं का अनुभव करते हैं। इनके लिए इसका अर्थ हो सकता है अस्थिर बिजली आउटपुट, शुरू करने में समस्या, अजीब ध्वनियाँ, और उत्सर्जन के उच्च स्तर। समस्याओं का कारण अक्सर बायोगैस की गुणवत्ता, इंजन के भाग या रखरखाव की कमी होती है। जनरेटर सेट के ठप होने से बचने के लिए इन समस्याओं की पहचान जल्दी करना आवश्यक है।

जब आप जनरेटर के प्रदर्शन को देखते हैं, तो बायोगैस की गुणवत्ता सबसे महत्वपूर्ण होती है। जब बायोगैस की गुणवत्ता खराब होती है, तो अधूरे दहन और घटकों के अवरुद्ध होने जैसी समस्याएं हो सकती हैं। इन समस्याओं को दूर करने के लिए, सबसे पहले बायोगैस के संघटन, विशेष रूप से मीथेन की मात्रा की जांच करें। जनरेटर के उत्तम प्रदर्शन के लिए आवश्यक इष्टतम मीथेन स्तरों के साथ मीथेन की मात्रा की तुलना करें। फिर यह जांचें कि गैस के उपचार, जिसमें गैस का निर्जलीकरण और फ़िल्टरिंग शामिल है, सही ढंग से काम कर रहा है। यदि कोई नमी या अशुद्धियाँ मौजूद हैं, तो आप फ़िल्टर या ड्रायर को बदलकर समस्या को ठीक कर सकते हैं।
इंजन के भागों में होने वाला घर्षण और क्षरण बहुत समस्याप्रद हो सकता है। कार्यशील इंजन के बिना बायोगैस जनरेटर सेट काम नहीं करते हैं। स्टार्टिंग में समस्या या अस्थिर दहन का कारण क्षतिग्रस्त या गंदे स्पार्क प्लग हो सकते हैं। इसलिए, आवश्यकता होने पर स्पार्क प्लग का निरीक्षण करें और बदल दें। ईंधन इंजेक्टर में बाधा आने से शक्ति उत्पादन कम हो सकता है, इसलिए ईंधन प्रवाह में बाधा आने पर उन्हें साफ़ करें या बदल दें। एक गंदा एयर फिल्टर आने वाली हवा की मात्रा को सीमित कर देता है, जिससे दहन प्रक्रिया भी प्रभावित होती है। इसलिए, एयर फिल्टर को नियमित रूप से साफ़ किया जाना चाहिए या बदल दिया जाना चाहिए।
जनरेटर की विद्युत प्रणाली में समस्याएं होने से जनरेटर काम न करे या संचालन के दौरान रुक सकता है। बैटरी से शुरुआत करें, जांचें कि क्या यह चार्ज है और सुनिश्चित करें कि बैटरी कनेक्टर्स कसकर लगे हों और साफ हों। अगले चरण में ऑल्टरनेटर को नुकसान और ढीले केबल्स के लिए जांचें जो ऑल्टरनेटर में या बाहर जुड़े हों तथा संबंधित सर्किट्स की भी जांच करें। फिर जांचें कि क्या नियंत्रण पैनल काम कर रहा है और सभी सेंसर कार्यात्मक हैं। खराब सेंसर इसे गलत तरीके से काम करा सकते हैं या झूठी चेतावनी दे सकते हैं।
यदि अत्यधिक ताप की समस्याओं को समय पर हल नहीं किया जाता है, तो जनरेटर सेट को नुकसान हो सकता है। अत्यधिक ताप की समस्याएँ खराब रूप से रखरखाव वाली शीतलन प्रणाली, ब्लॉक वेंट्स या जनरेटर अतिभार से जुड़ी हो सकती हैं। शीतलन प्रणाली का मूलभूत निरीक्षण करके शुरुआत करें ताकि यह देखा जा सके कि पर्याप्त कूलेंट है या नहीं या रेडिएटर या कूलिंग फैन कार्यात्मक है या नहीं। यदि कूलेंट का स्तर कम है, तो उचित प्रकार का कूलेंट जोड़ना सुनिश्चित करें। यदि कूलिंग फैन काम नहीं कर रहा है, तो फैन मोटर और वायरिंग में समस्याओं की जांच करें। इसके बाद, यह देखने के लिए वेंट्स की जांच करें कि क्या वे गंदगी और मलबे से अवरुद्ध हैं और यदि हैं तो उन्हें साफ कर दें। साथ ही, यह जांचें कि क्या जनरेटर अतिभारित है, यदि यह अनुशंसित सीमा से अधिक है तो भार कम कर दें।
सर्वोत्तम संभव निवारक रखरखाव करने के लिए, रखरखाव किए जाने और दर्ज किए जाने का समय और कारण नोट करें। रखरखाव में तेल बदलना, फ़िल्टर सफ़ाई, घटक निरीक्षण और जनरेटर के लिए प्रदर्शन परीक्षण शामिल करते हुए नियमित रखरखाव कार्यों की योजना बनाई जाएगी। जनरेटर के रखरखाव में प्रदर्शन परीक्षण शामिल होगा और रखरखाव की योजना आमतौर पर तेल बदलना, फ़िल्टर साफ़ करना और जनरेटर के प्रदर्शन का निरीक्षण और परीक्षण करना शामिल करती है। इससे समय की अवधि में जनरेटर के प्रदर्शन को नोट करने की अनुमति मिलेगी और समय के साथ जनरेटर का प्रदर्शन रखरखाव की योजना को नियमित रखरखाव दिखाने की अनुमति देगा, रखरखाव कार्यों को लॉग करना, जनरेटर का प्रदर्शन परीक्षण और रखरखाव प्रदर्शन योजना में तेल बदलना, फ़िल्टर साफ़ करना और जनरेटर के प्रदर्शन का निरीक्षण और परीक्षण शामिल होगा। इससे समय के साथ जनरेटर के प्रदर्शन के ट्रैकिंग की अनुमति मिलेगी और रखरखाव कार्यों को लॉग करने से समय के साथ जनरेटर के प्रदर्शन में समस्याओं को उजागर करने में मदद मिलेगी। इससे जनरेटर रखरखाव योजना को तेल बदलने, फ़िल्टर साफ़ करने और घटकों का निरीक्षण करने के लिए नियमित रखरखाव दिखाने में सहायता मिलेगी। इसके अतिरिक्त, ऑपरेटरों को इस प्रकार प्रशिक्षित किया जाना चाहिए कि समस्याओं के बढ़ने को रोका जा सके। समस्याओं के शुरुआती लक्षणों में मूलभूत जाँच शामिल हैं। स्वचालित रखरखाव लॉगिंग प्रदर्शन संभवतः शेष तेल में अधिक कार्य जोड़ने की अनुमति दे सकता है, फ़िल्टर साफ़ करना और जनरेटर के प्रदर्शन का परीक्षण करना ताकि लॉगिंग कार्यों को बढ़ाया जा सके, अधिक प्रभावी घटकों को हटाने के लिए कम तेल, फ़िल्टर साफ़ करना और जनरेटर के प्रदर्शन का निरीक्षण करना ताकि अधिक कुशल बढ़ोतरी की अनुमति मिल सके।