Biogaz generatorlari bilan ishlashda eng keng tarqalgan muammolardan biri kutilganidan kamroq quvvat hosil qilishdir. Bu ko'pincha biogaz sifati va dvigatel qismlarining eskirishiga bog'liq. Biogaz to'g'ri yonish uchun metanning 50% dan 70% gacha bo'lgan miqdoriga ega bo'lishi kerak. Agar elektr energiya hosil qilish uchun foydalanilayotgan biogazdagi metan miqdori bu me'yorida bo'lmasa, bu odatda biogaz sindirgichda optimal bo'lmagan harorat va oziqlantiruvchi aralashmaning noaniq sindirilishiga bog'liq bo'lgan yomon sindirish natijasidir.
Boshqa yonilg'i uloqtirgichlar yoki yoqilg'i purkagichlar kabi dvigatel qismlarining eskirishi ham boshqa sabab bo'lishi mumkin. Dvigatelda quvvat olish uchun yoqilg'ini yonishga undovchi qismlar to'liq bo'lmagan yonish tufayli uglerod cho'ntaklari bilan berkitiladi, bu esa yoqilg'ining samarasiz yonishiga olib keladi. Bunday holda, birinchi navbatda gaz analizatori yordamida metan miqdori mavjudligini tekshirish kerak. Agar mavjud bo'lsa, metan hosil qilish jarayonidagi xom ashyo nisbati va mezofilik sindirish uchun 35°C haroratini sozlang. Eskiyotgan qismlar uchun har 500 soat ishlatilgandan keyin yonilg'i uloqtirgichlarni almashtirishingiz va yoqilg'i purkagichlarni mutaxassislarning tozalash vositasi bilan tozalashingiz kerak.

Doimiy elektr energiyaga ehtiyoj sezayotganlar uchun tez-tez o'chib qoladigan va uzilib turadigan biogaz generatori juda noqulay bo'lishi mumkin. Biogazning barqaror emas ta'minoti va nuqsonli bosim regulatorlari buni keltirib chiqaradi. Sindikda, agar qo'shimcha oziqlantiruvchi moddalar kerak bo'lsa yoki gazni to'plash tizimida quvurlar mavjud bo'lsa, biogaz ishlab chiqarish barqaror bo'lmasa, ishlab chiqarish o'zgaruvchan bo'lishi mumkin. Shu bilan birga, ma'lum bir me'yorida pasaygan gaz bosimi dvigatel-generatorning titrayishi va to'xtashi sabab bo'ladi.
Bu muammo manbai sifatida bosimni tartibga soluvchi qurilmalarning nosozligi ham bo'lishi mumkin. Biogaz dvigatelining bosim tartibga soluvchisi dvigatelga kiradigan biogaz miqdorini nazorat qiladi va agar bu qurilma nosoz ishlasa, biogaz oqimi barqaror bo'lmasa, tizimda nosozlik yuzaga kelishi mumkin. Tizimdagi doimiy barqarorlikni ta'minlash uchun birinchi navbatda gazni to'plash tizimidagi ekanlarni bartaraf etish va oziqlantiruvchi moddalarning ortiqcha zaxirasini oldini olib, ishlab chiqarishning barqarorligini saqlash maqsadida biyogaz ishlab chiqarish jadvalini bajarish kerak. Tizim uzluksiz ishlashi uchun bosimni tartibga soluvchi qurilmaning biogaz oqim komponentlarini shikastlanish yoki to'siqqa tekshirish zarur. Agar qurilma shikastlangan bo'lsa, uzluksiz oqimni ta'minlash uchun biogaz tizimiga sifatli bosim tartibga soluvchi qurilmani o'rnatish kerak.
Biogaz dizeldan tozaroq yoqilg'i, ammo ba'zi generatorlar hali ham NOx va CO kabi ortiqcha ifloslantiruvchi moddalarni ishlab chiqaradi. Ushbu muammoga eski biogaz dvigatellarining kam rivojlangan yonish tizimlari va havo-yoqilg'i aralashmasining yomonligi sabab bo'lmoqda. Agar biogazni yoquvchilar juda kam havo olsalar, to'liq yoqilmagan holda ortiqcha CO hosil bo'ladi. Aksincha, yonish xonasining yuqori haroratlari tufayli ortiqcha havo NOx hosil qiladi.
Bu muammoga hozirgi nafar-etish nazorati texnologiyalariga ega bo'lmagan eski dvigatellar ham hissa qo'shishi mumkin. Nafar-etishni nazorat qilish havo-ot yoqilg'i nisbati optimal darajaga keltirish orqali oson amalga oshiriladi. Ko'pchilik biogaz generatorlarida havo kirish klapi bor—uni shunday sozlangki, biogazning hajm jihatdan nisbati 10:1 bo'lsin. Nafar-etish analizatorlari tizimning aniq o'lchovini beradi va aralashmani shunday boshqaradiki, chiqarilayotgan moddalar regional me'yorida bo'ladi. Biogaz dvigatellari uchun mo'ljallangan katalitik konvertorlarni eski dvigatellarga o'rnatish orqali ifloslantiruvchi moddalarni kamaytirish mumkin. Gazsimon ifloslantiruvchi moddalar zararsiz suv bug'iga va CO2 ga aylantirilishi mumkin. Dvigatelni texnik xavfsizligi ham nafar-etishni pasaytiradi, masalan, 200 soat ish faoliyatidan keyin havo o'tkazuvchanligini ochish orqali.
Ob-havo o'zgarishiga qaramay yoki generator uzoq muddat ishlamasa, foydalanuvchilar biogaz generatorini ishga tushirishda qiyinchiliklarga duch keladi. Biogaz bosimining pastligi, past haroratli dvigatellar va zaryadsiz batareyalar eng ehtimoliy sabablardir. Biogaz bosimining pastligi tufayli vujudga keladigan ishga tushirish muammolari past bosim bilan bog'liq. Etarli bosim bo'lmasa, tizim gazni dvigatelning portlash kamerasiga yetkazishda qiynaladi va yondirish deyarli iloji bo'lmasligicha bo'ladi.
Sovuq ob-havo yonish jarayoniga salbiy ta'sir qo'ladi. Aslida, biogaz sovuq dvigateli yonishi va noaniq generator aylantirilishi yonmoqda bo'lsa ham, yonmayotgandek tuyulishi mumkin. Agar generator bir necha hafta ishlatilmagan bo'lsa, markazlashtirilgan ignitiv (alohida) batareyalar ham ko'p uchraydigan sababdir. Muharriri muammosini aniqlash orqali biogaz tizimidagi muammolar hal etilishi mumkin. Agar bosim past bo'lsa, metanator 24 dan 48 soatgacha ishlashi kerak deb hisoblang. Sovuq ob-havoda dvigatel blokini isitish uchun 1 dan 2 soatgacha vaqt sarflang. Batareyalar o'chib qolgan bo'lsa, portativ zaryad qurilmasini 4 dan 6 soatgacha zaryadlang va ignitiv tizim ishlayotganligiga ishonch hosil qiling.
Quyosh gazidan quvur yoki ventillar kabi komponentlarning korroziyasi - biogaz generatorlarini asta-sekin yemiruvchi, lekin sezilmaydigan muammo. Biogaz tarkibida vodorod sulfidning (H₂S) oz miqdori mavjud. Biogaz hamda H₂S nam muhitga ega yopiq tizimda bo'lganda kimyoviy reaksiya sodir bo'lib, korroziv ta'sir qiladi. Agar dastlabki biogaz generator komponentlari o'z vaqtida ta'mirlanmasa yoki almashtirilmasa, natijada H₂S ning korroziv ta'siri bilan bog'liq biogaz generatori muammosi yuzaga keladi. Oxir-oqibat bu biogaz generatori hamda yoqilg'i tizimining ishlashiga xalaqit beradi va qimmatbaho ta'mirlash talab qilinadi.
Korrosiyani bartaraf etish maqsadida avvalo biogaz quvurlariga H₂S ni olib tashlash tizimini o'rnatish kerak. Tizim biogaz yoqilg'isi foydalanishdan oldin H₂S gazini 20 ppm dan kam darajaga tushirishi kerak. Yoqilg'idagi H₂S tufayli vujudga keladigan korroziyani muntazam ravishda tekshirish tizimi mavjud bo'lishi kerak. Korroziyaga uchragan namlikli zaif yoqilg'i tizimlarini chiqarib tashlash kerak yoki tezlashtirilgan korroziya sodir bo'ladi. Namlikdagi faollashtirilgan H₂S gazini o'z ichiga olgan biogaz tizimidagi namlikni chiqarib tashlash va quritish zarur.