Biogaasi generaatorite puhul on üks levinumaid probleeme madalam võimsus kui eeldatud. See on sageli seotud biogaasi kvaliteediga ja mootori osade kulumisega. Biogaasil on vajalik kindel metaani sisaldus 50–70%, et see korralikult põleks. Kui toodetava biogaasi metaani sisaldus on selle piirväärtusest madalam, on see tavaliselt tingitud halvasest seedimisprotsessist biogaasi seeduris, mis on seotud mitteoptimaalse temperatuuriga ja ebakindla tooraine seedimisega.
Teised mootori osad, nagu süüteküünla või kütusemanetid, võivad kaasa tuua kulumist. Osad, mis põletavad kütust mootoris energiat tootes, ummistuvad süsiniku sademetega ebapiisava põlemise tõttu, mis omakorda põhjustab kütuse halva põlemise. Sel juhul on esimene samm kontrollida gaasanalüsaatoriga metaani sisaldust. Kui see esineb, reguleerige söötmismaterjali suhet ja temperatuuri 35°C-ni mesofiilseks lagunemiseks. Kulunud osade puhul tuleks süüteküünlad vahetada iga 500 töötunni järel ja kütusemanetid puhastada professionaalse puhastusvahendiga.

Biogaasi generaatori kasutamine, mis sageli seiskub ja töötab katkendlikult, võib olla väga tüüritav neile, kes vajavad pidevat elektrit. Selle põhjuseks võivad olla ebakindel biogaasi kättesaadavus ja defektne rõhuregulaator. Fermenteris võib biogaasi tootmine olla ebastabiilne ja tootmismaht võib kõikuda, kui tuleb lisada toorainet või kui gaasikogumissüsteemis on lekkeid. Lisaks sellele põhjustab rõhu langemine teatud piirväärtuse alla mootorigeneraatori nutmise ja seiskumise.
Teiseks selle probleemi põhjuseks on riknenud rõhuregulaatorid. Biogaasi mootori rõhuregulaator reguleerib, kui palju biogaasi võib mootorisse siseneda, ja kui biogaasi mootori rõhuregulaator on riknes, muutub biogaasi vool ebastabiilseks ning see võib põhjustada süsteemi rikke. Süsteemi pideva ebastabiilsuse kõrvaldamiseks tuleb kõigepealt parandada gaasikogumissüsteemi lekkeid ja hoida kindlal ajakavala biogaasi tootmiseks, et eemaldada toorainete varu ja vältida tootmisega seotud ebastabiilsust. Kontrollige rõhuregulaatori biogaasi voolu komponente kahjustuste või ummistuste suhtes, et süsteem saaks pidevalt töötada. Kui regulaator on kahjustunud, asendage see kvaliteetne rõhuregulaatoriga biogaasisüsteemis, et tagada optimeeritud pidev vool.
Biogaas on puhtam kütus kui diisel, kuid mõned generaatorid toodavad endiselt liigseid saasteaineid, nagu NOx ja CO. Selle probleemi põhjustavad vanemate biogaasimootorite ebasobivad süütekogused ja halb õhu- ja kütuse segu. Kui biogaasi põletile jõuab liiga vähe õhku, toob see kaasa ebapiisava põlemise ja liigse CO tekkimise. Vastupidi, liiga palju õhku toodab NOx-i, kuna põlemiskambri temperatuur on kõrge.
Sellele probleemile võivad kaasa aidata vanemad mootorid, millel puuduvad praegused heitkoguste reguleerimise tehnoloogiad. Heitkoguste kontrolli saab lihtsalt tagada õhu-kütuse suhte optimeerimisega. Enamikul biogaasi generaatoritel on õhukäigu klapp – reguleerige seda, et tagada 10:1 biogaasi ruumala suhe. Heitkoguste analüsaatorid võivad pakkuda täpset süsteemi mõõtmist ja reguleerida õhu-kütuse segu nii, et heitkogused langeksid ettekirjutatud piirkondlike normide alla. Biogaasimootoritele mõeldud katalüsaatorid saab paigaldada vanematele mootoritele, et vähendada saasteaineid. Gaasilised saasteained saab teisendada ohtutuks veepauriks ja CO2-ks. Mootori hooldus aitab samuti heitkoguseid alandada, näiteks avades õhukanali iga 200 töötunni järel.
Kui ilm muutub või generaator seisma jääb, on kasutajatel sageli raske biogaasigeneraatorit käivitada. Madal biogaasirõhk, madala temperatuuriga mootorid ja tühjad akud on kõige tõenäolisemad põhjused. Madala biogaasirõhu tõttu tekkinud käivitusprobleemid on tingitud just madalast rõhust. Piisava rõhuta ei suuda süsteem gaasi mootori süütuskambrisse saata ja süütamine muutub peaaegu võimatuks.
Külma ilm mõjutab negatiivselt süttimist. Tegelikult võib biogaasi külma mootori süttimine ja ebaefektiivne generaatori käivitamine kõlada nii, nagu see töötaks, kuigi tegelikult ei sütti. Keskendunud süütekonna surnud akud on samuti sagedane põhjus, kui generaatorit pole kasutatud mitu nädalat. Käivitusprobleeme saab lahendada, kui esmalt tuvastada probleemi allika biogaasisisse. Kui rõhk on madal, siis eeldage, et gaasiloomja peab töötama 24–48 tundi. Külmas ilmas soojendage mootorit 1–2 tundi mootoriküttega. Surnud akude puhul laadige kanduv laadija 4–6 tundi ja kontrollige süütesüsteemi, et veenduda, et see toimiks.
Biogaasi generaatori komponentide, nagu torud või ventiilid, korrosioon on vaikne probleem, mis aja jooksul halvendab biogaasi generaatoreid. Biogaas sisaldab väikest hulka vesiniksulfiidi. Kui biogaas ja H₂S on suletud süsteemis koos niiskusega, toimub keemiline reaktsioon, mille tulemusena tekib korrosioon. Kui varajaseid biogaasi generaatori komponente ei parandata ega vahetata, tekib biogaasi generaatoril korrosiooni tekitav H₂S-lekkeprobleem. Lõpuks põhjustab see biogaasi generaatori ja kütusesüsteemi töökatkestusi ning kulukaid remonte.
Korrosiooni vältimiseks tuleb esmalt paigaldada biogaasi H₂S-eemaldamise süsteemid biogaasi torujuhtedele. Süsteem peaks eemaldama H₂S-gaasi alla 20 ppm enne kütuse kasutamist. Tuleb hoida süsteemi, mis regulaarselt kontrollib kütuse H₂S-korrosiooni. Nõrgad kütusesüsteemid korrosiooni ja niiskuse tõttu tuleb tühjendada või neil on kiirendunud korrosioon. Niiskuses olev aktiveeritud H₂S-gaas peab olema biogaasi korrosiooni tekitav niiskus süsteemist eemaldatud ja kuivatatud.