Med biogassgeneratorer er ett av de vanligste problemene lavere effektutgang enn forventet. Dette skyldes ofte biogasskvalitet og slitasje på motordeler. Biogass må ha et bestemt metaninnhold på 50–70 % for å brenne ordentlig. Hvis metaninnholdet i kraftproduserende biogass er under denne terskelen, skyldes det vanligvis dårlig nedbryting i biogassreaktoren på grunn av ikke-optimal temperatur og ubalansert nedbryting av råstoff.
Slitasje på andre motordele, som tennplugger eller brennstoffinnsprøytninger, kan være en annen årsak. Dele som forbrenner brennstoff for å generere kraft i motoren, tilstoppes av karbonavleiringer på grunn av ufullstendig forbrenning, noe som fører til ineffektiv brennstoffbruk. I slike tilfeller er det første skrittet å sjekke om det er metangass ved hjelp av en gassanalysator. Hvis det er tilfelle, juster råstoffforholdet i digesteren og temperaturen til 35 °C for mesofilisk nedbrytning. For slitne deler bør du bytte tennplugg hver 500 driftstime og rengjøre brennstoffinnsprøyter med et profesjonelt rengjøringsmiddel.

Å ha en biogassgenerator som ofte slår seg av og går i perioder kan være utrolig irriterende for de som trenger kontinuerlig strøm. Ustabile leveranser av biogass og defekte trykkregulatorer kan føre til dette. I en gjøringsbeholder kan produksjonen av biogass være ustabil og føre til svingninger dersom det må tilføres råstoff, eller hvis det er lekkasjer i gassoppsamlingsystemet. I tillegg kan lavt gasstrykk under en viss terskel føre til at en motor-generator stutter og stopper opp.
En annen årsak til dette problemet er defekte trykkregulatorer. Trykkregulatoren for biogassmotor styrer hvor mye biogass som tillates inn i motoren, og hvis en slik regulator er defekt, blir biogasstrømmen ujevn og kan føre til at systemet feiler. For å løse vedvarende ustabilitet i systemet, bør man først reparere lekkasjer i gassinnsamlingssystemet og følge en planlagt produksjon av biogass for å unngå opphopning av råstoff og dermed hindre ustabilitet i produksjonen. Inspeer trykkregulatorers biogasstrømkomponenter på skader eller blokkeringer slik at systemet kan fungere kontinuerlig. Hvis en regulator er skadet, må den erstattes med en kvalitets trykkregulator for biogassystemet for å sikre optimal, jevn strømning.
Biogass er en renere brennstoff enn diesel, men noen generatorer produserer fortsatt forurenset stoffer som NOx og CO. Dårlig utviklede forbrenningssystemer i eldre biogasmotorer og dårlig blanding av luft og brennstoff forårsaker dette problemet. Hvis biogassbrennere får for lite luft, fører ufullstendig forbrenning til overdreven CO-produksjon. Omvendt fører for mye luft til NOx-utslipp på grunn av høye temperaturer i forbrenningskammeret.
Bidrag til dette problemet kan komme fra eldre motorer som mangler moderne utslippskontrollteknologi. Utslippskontroll kan oppnås enkelt ved å optimere luft/brændstoff-forholdet. De fleste biogassgeneratorer har en luftinntaksventil – juster denne for å sikre et volumetrisk forhold på 10:1 for biogass. Utslippsanalyseverktøy kan gi nøyaktige målinger av systemet og regulere luft/brændstoff-blandingen slik at utslippene kommer under de fastsatte regionale grenseverdiene. Katalysatorer utformet for biogassmotorer kan installeres på eldre motorer for å redusere forurensende stoffer. Gassformige forurensningsstoffer kan omgjøres til uskadelig vanndamp og CO2. Motorvedlikehold vil også holde utslippene nede, for eksempel ved å åpne luftkanaler etter 200 driftstimer.
Når været endrer seg eller generatoren står i ro over lengre tid, har brukere ofte problemer med å starte biogassgeneratoren. Lav biogass trykk, motorer med lav temperatur og utladet batteri er de mest sannsynlige årsakene. Problemer med starting pga. lavt biogass trykk skyldes utilstrekkelig trykk. Uten tilstrekkelig trykk sliter systemet med å sende gass inn i motorens forbrenningskammer, og antennelse blir nesten umulig.
Kaldt vær har en negativ innvirkning på forbrenning. Faktisk kan det hende at kald start av biogassmotoren og ineffektiv generatorstart gir lyd som om den er på, selv om den ikke forbrenner. Sentrert tenningsdøde batterier er også en vanlig årsak hvis generatoren ikke har vært i bruk i uker. Startproblemer kan løses ved først å identifisere problemets kilde i biogasssystemet. Hvis trykket er lavt, anta at gjødslingsbeholderen må kjøre i 24 til 48 timer. I kaldt vær, varm opp i 1 til 2 timer med motorblokkvarmer. For døde batterier, lad den bærbare laderen i 4 til 6 timer, og sjekk tenningsystemet for å sikre at det fungerer.
Korrosjon av biogassgenerator-komponenter som rør eller ventiler er et stille problem som gradvis ødelegger biogassgeneratorer. Biogass inneholder en liten prosentandel svovelsyre (H₂S). Når biogass og H₂S er i et lukket system med fuktighet, skjer en kjemisk reaksjon som blir korrosjonsfremkallende. Hvis tidlige biogassgenerator-komponenter ikke repareres eller byttes ut, resulterer det i en biogassgenerator med et lekkasjeproblem for korrosivt H₂S. Til slutt fører dette til driftsproblemer i biogassgeneratoren og drivstoffsystemet, samt kostbare reparasjoner.
For å eliminere korrosjon er det første man bør gjøre å installere H₂S-fjerningssystemer på biogassrørledninger. Systemet bør redusere H₂S-gassen til under 20 ppm før biogass brukes som drivstoff. Ha et system for å regelmessig sjekke drivstoffets H₂S-korrosjon. Svake drivstoffsystemer med korrosjonsfremkallende fuktighet bør tappes for væske eller har akselerert korrosjon. Aktivert H₂S-gass i fuktighet må fjernes; biogasskorroderende fuktighet i systemet bør tappes og tørkes