बायोगैस जनरेटर के साथ, सबसे आम समस्याओं में से एक अपेक्षित से कम बिजली उत्पादन है। इसका कारण अक्सर बायोगैस की गुणवत्ता और इंजन के भागों का क्षय होता है। ठीक से दहन के लिए बायोगैस को 50% से 70% तक मीथेन सामग्री की आवश्यकता होती है। यदि बिजली उत्पादन के लिए उपयोग की जाने वाली बायोगैस में मीथेन इस सीमा से कम है, तो आमतौर पर इसका कारण बायोगैस डाइजेस्टर में उचित तापमान के अभाव और आहार सामग्री के असंतुलित पाचन के कारण खराब पाचन होता है।
स्पार्क प्लग या ईंधन इंजेक्टर जैसे अन्य इंजन भागों का क्षरण एक अन्य कारण हो सकता है। ईंधन को जलाकर शक्ति उत्पन्न करने वाले भाग अधूरे दहन के कारण कार्बन जमाव से अवरुद्ध हो जाते हैं, जिससे ईंधन का अक्षम दहन होता है। ऐसे में पहला कदम यह जांचना है कि गैस विश्लेषक के साथ क्या गैस में मीथेन की मात्रा है। यदि है, तो मीसोफिलिक पाचन के लिए 35°C तापमान और पाचक फीडस्टॉक अनुपात को समायोजित करें। घिसे हुए भागों के लिए, आपको हर 500 घंटे के संचालन के बाद स्पार्क प्लग को बदलना चाहिए और ईंधन इंजेक्टर को पेशेवर सफाई एजेंट से साफ़ करना चाहिए।

जिन लोगों को लगातार बिजली की आवश्यकता होती है, उनके लिए अक्सर बंद हो जाने वाला और अनियमित रूप से चलने वाला बायोगैस जनरेटर बहुत परेशान करने वाला हो सकता है। बायोगैस की अनियमित आपूर्ति और दोषपूर्ण दबाव नियामक इसके होने के कारण हो सकते हैं। एक डाइजेस्टर में, यदि ऐसे फीडस्टॉक को जोड़ने की आवश्यकता होती है या गैस संग्रहण प्रणाली में रिसाव होता है, तो बायोगैस उत्पादन अस्थिर हो सकता है और उत्पादन में उतार-चढ़ाव आ सकता है। इसके अतिरिक्त, एक निश्चित सीमा से नीचे गैस दबाव गिरने से इंजन जनरेटर ठहर सकता है और रुक सकता है।
इस समस्या का एक अन्य कारण खराब दबाव नियामक भी हैं। बायोगैस इंजन दबाव नियामक नियंत्रित करता है कि इंजन में कितनी बायोगैस प्रवेश कर सकती है, और यदि बायोगैस इंजन दबाव नियामक खराब है, तो बायोगैस के प्रवाह अस्थिर हो जाता है जिससे प्रणाली में खराबी आ सकती है। निरंतर प्रणाली अस्थिरता को दूर करने के लिए, सबसे पहले गैस संग्रह प्रणाली के रिसाव की मरम्मत करें और आधारभूत पदार्थों के भंडार को खत्म करके उत्पादन में अस्थिरता रोकने के लिए बायोगैस उत्पादन के लिए एक नियमित अनुसूची बनाए रखें। प्रणाली को निरंतर संचालित करने के लिए दबाव नियामक और बायोगैस प्रवाह घटकों को क्षति या अवरोध के लिए जाँचें। यदि कोई नियामक क्षतिग्रस्त है, तो निरंतर और अनुकूलित प्रवाह सुनिश्चित करने के लिए बायोगैस प्रणाली में एक गुणवत्तापूर्ण दबाव नियामक द्वारा उसका प्रतिस्थापन करें।
बायोगैस डीजल की तुलना में एक स्वच्छ ईंधन है, लेकिन कुछ जनरेटर अभी भी एनओएक्स (NOx) और सीओ (CO) जैसे अत्यधिक प्रदूषक उत्पन्न करते हैं। पुराने बायोगैस इंजनों की कम विकसित दहन प्रणाली और वायु-ईंधन का खराब मिश्रण इस समस्या का कारण बनता है। यदि बायोगैस बर्नर को बहुत कम वायु मिलती है, तो अपूर्ण दहन के कारण अत्यधिक सीओ (CO) उत्पन्न होती है। इसके विपरीत, अत्यधिक वायु उच्च दहन कक्ष तापमान के कारण एनओएक्स (NOx) उत्पन्न करती है।
इस समस्या में पुराने इंजनों का योगदान हो सकता है जिनमें वर्तमान उत्सर्जन नियंत्रण तकनीकों की कमी होती है। वायु-ईंधन अनुपात को अनुकूलित करके उत्सर्जन नियंत्रण सरलता से किया जा सकता है। अधिकांश बायोगैस जनरेटर्स में वायु सेवन वाल्व होता है—इसे समायोजित करके 10:1 बायोगैस आयतनिक अनुपात सुनिश्चित करें। उत्सर्जन विश्लेषक तंत्र के सटीक माप की सुविधा प्रदान कर सकते हैं और वायु-ईंधन मिश्रण को इस प्रकार नियंत्रित कर सकते हैं कि उत्सर्जन निर्धारित क्षेत्रीय मानकों से नीचे आ जाए। बायोगैस इंजनों के लिए डिज़ाइन किए गए उत्प्रेरक कन्वर्टर्स को पुराने इंजनों पर लगाकर प्रदूषकों को कम किया जा सकता है। गैस प्रदूषकों को हानिरहित जल वाष्प और CO2 में परिवर्तित किया जा सकता है। इंजन के रखरखाव से भी उत्सर्जन कम रहेगा, उदाहरण के लिए, 200 घंटे के संचालन के बाद वायु मार्ग को खोलकर।
जैसे-जैसे मौसम बदलता है या जनरेटर लंबे समय तक खड़ा रहता है, उपयोगकर्ताओं को बायोगैस जनरेटर शुरू करने में अक्सर कठिनाई होती है। कम बायोगैस दबाव, कम तापमान वाले इंजन और डेड बैटरी सबसे संभावित कारण हैं। कम बायोगैस दबाव के कारण शुरुआत की समस्याएं निम्न दबाव के कारण होती हैं। पर्याप्त दबाव के बिना, प्रणाली इंजन के दहन कक्ष में गैस भेजने में संघर्ष करती है, और इग्निशन लगभग असंभव हो जाता है।
ठंड के मौसम का दहन पर नकारात्मक प्रभाव पड़ता है। वास्तव में, बायोगैस की ठंडे इंजन में दहन और अक्षम जनरेटर क्रैंकिंग ऐसी ध्वनि उत्पन्न कर सकती है जैसे यह चालू हो, लेकिन दहन हो रहा हो। केंद्रित इग्निशन डेड बैटरियाँ भी एक आम कारण हैं यदि जनरेटर को हफ्तों तक उपयोग नहीं किया गया हो। स्टार्टिंग से जुड़ी समस्याओं को पहले बायोगैस प्रणाली में समस्या के स्रोत की पहचान करके हल किया जा सकता है। यदि दबाव कम है, तो यह मान लें कि डाइजेस्टर को 24 से 48 घंटे तक चलने की आवश्यकता है। ठंडे मौसम में, इंजन ब्लॉक हीटर का उपयोग करके 1 से 2 घंटे की वार्म-अप आवश्यकता होती है। डेड बैटरियों के लिए, पोर्टेबल चार्जर को 4 से 6 घंटे तक चार्ज करें, और यह सुनिश्चित करने के लिए इग्निशन सिस्टम की जाँच करें कि वह काम कर रहा है।
पाइप या वाल्व जैसे बायोगैस जनरेटर घटकों का क्षरण बायोगैस जनरेटर को खराब करने वाली एक चुप समस्या है। बायोगैस में हाइड्रोजन सल्फाइड का एक छोटा प्रतिशत होता है। जब नमी के साथ बंद प्रणाली में बायोगैस और H₂S होता है, तो एक रासायनिक प्रतिक्रिया होती है जो क्षरणकारी बन जाती है। यदि शुरुआती बायोगैस जनरेटर घटकों की मरम्मत या प्रतिस्थापन नहीं किया जाता है, तो परिणामस्वरूप H₂S रिसाव की समस्या वाला बायोगैस जनरेटर होता है। अंततः यह बायोगैस जनरेटर और ईंधन प्रणाली के संचालन में समस्या और महंगी मरम्मत का कारण बनता है।
क्षरण को खत्म करने के प्रयास में सबसे पहला कदम बायोगैस पाइपलाइनों पर बायोगैस H₂S निकासी प्रणाली स्थापित करना है। प्रणाली को बायोगैस ईंधन के उपयोग से पहले H₂S गैस को 20 ppm से कम तक समाप्त कर देना चाहिए। ईंधन H₂S क्षरण की नियमित जांच के लिए एक प्रणाली लागू करें। क्षरण नमी में कमजोर ईंधन प्रणाली को निकाल दिया जाना चाहिए या जिसमें त्वरित क्षरण हुआ हो। नमी में सक्षम H₂S गैस को निकालना चाहिए और प्रणाली के भीतर बायोगैस क्षरण नमी को सुखाया जाना चाहिए।