При биогазовите генератори един от най-честите проблеми е по-ниската мощност спрямо очакваната. Това често се дължи на качеството на биогаза и износването на части от двигателя. Биогазът изисква определено съдържание на метан от 50% до 70%, за да изгорява правилно. Ако съдържанието на метан в биогаза за производство на електроенергия е под този праг, това обикновено се дължи на слабо разграждане в биогазовата фермента, причинено от неоптимална температура и дисбаланс в храненето на суровините.
Износът на други части от двигателя, като свещите или горивните инжектори, може да е друга причина. Части, които изгарят горивото, за да генерират мощност в двигателя, се запушват с въглеродни отлагания поради непълно изгаряне, което води до неефективно използване на горивото. В този случай първата стъпка е да се провери съдържанието на метан с анализатор на газове. Ако има такова, коригирайте съотношението на суровините в утайката и температурата от 35°C за мезофилно разграждане. При износени части трябва да заменяте свещите на всеки 500 часа работа и да почиствате горивните инжектори с професионално почистващо средство.

Това, че биогазовият генератор често се изключва и работи прекъснато, може да е изключително досадно за хората, които се нуждаят от непрекъснат ток. Това може да се случи поради непостоянни доставки на биогаз и дефектни регулатори на налягане. В един усъвършенстван реактор производството на биогаз може да бъде непостоянно и да доведе до колебания в производството, ако трябва да се добавят суровини или ако има течове в системата за събиране на газ. Освен това, когато налягането на газа падне под определена граница, двигателят-генератор може да започне да спира и да работи нестабилно.
Друг източник на този проблем са неизправни редуктори за налягане. Редукторът за налягане в двигателя, работещ с биогаз, регулира количеството биогаз, което може да навлезе в двигателя, и ако той е неизправен, потокът от биогаз става нестабилен и може да доведе до повреда на системата. За отстраняване на продължаващата нестабилност първо трябва да се поправят течовете в системата за събиране на газ и да се поддържа график за производство на биогаз, за да се премахне резервът от суровини и да се предотврати нестабилността на производството. Проверете компонентите на редуктора за налягане и потока на биогаза за наличие на повреди или запушвания, за да може системата да работи непрекъснато. Ако редукторът е повреден, заменете го с качествен редуктор за налягане в системата за биогаз, за да се осигури оптимизиран непрекъснат поток.
Биогазът е по-чисто гориво от дизела, но някои генератори все още произвеждат излишни замърсители като NOx и CO. Този проблем се дължи на недоразвити системи за горене при по-стари биогазови двигатели и лошо смесване на въздух и гориво. Ако биогазовите горелки получават твърде малко въздух, непълното горене води до излишно производство на CO. Напротив, прекалено много въздух води до образуване на NOx поради високите температури в камерата за горене.
Решаването на този проблем може да бъде подпомогнато от по-стари двигатели, които нямат съвременни технологии за контрол на емисиите. Контролът върху емисиите може да бъде осъществен просто чрез оптимизиране на съотношението въздух-гориво. Повечето генератори на биогаз имат вентил за въздушния влез — регулирайте го, за да се осигури обемно съотношение на биогаза 10:1. Анализаторите на емисии могат да осигурят точно измерване на системата и да контролират сместа от въздух и гориво, така че емисиите да паднат под предписани регионални стандарти. На по-стари двигатели могат да бъдат монтирани катализатори, проектирани за двигатели на биогаз, за намаляване на замърсителите. Газообразните замърсители могат да бъдат превърнати в безвредни водни пари и CO2. Поддържането на двигателя също ще държи емисиите на ниско ниво, например чрез почистване на въздушните канали след 200 часа работа.
Когато времето се променя или генераторът стои дълго време, потребителите често имат затруднения с пускането на биогазовия генератор. Ниско налягане на биогаза, двигатели при ниска температура и изтощени батерии са най-вероятните причини. Проблемите с пускането поради ниско налягане на биогаза се дължат на недостатъчно налягане. Без достатъчно налягане системата има затруднения да подава газ в камерата за горене на двигателя и запалването става почти невъзможно.
Студеното време има отрицателно въздействие върху горенето. Всъщност биогазовото студено двигателят горене и неефективното стартиране на генератора може да звучи, сякаш работи, но всъщност не гори. Централизираното запалване и изтощените батерии също често са причина, ако генераторът не е използван в продължение на седмици. Проблемите при стартиране могат да бъдат решени, като първо се установи източникът на проблема в биогазовата система. Ако налягането е ниско, приемете, че ферментаторът трябва да работи в продължение на 24 до 48 часа. При студено време предварително затопляне в продължение на 1 до 2 часа с помощта на подгрявач на блока на двигателя. При изтощени батерии зареждайте преносимото зарядно устройство в продължение на 4 до 6 часа и проверете системата за запалване, за да сте сигурни, че работи.
Корозията на компоненти на биогазов генератор, като тръби или клапани, е скрит проблем, който постепенно влошава работата на биогазовите генератори. Биогазът съдържа малко количество водороден сулфид. Когато биогазът и H₂S се намират в затворена система с влага, протича химическа реакция, която става корозивна. Ако компонентите на ранните биогазови генератори не бъдат ремонтирани или подменени навреме, резултатът е биогазов генератор с проблем от изтичане на корозивен H₂S. В крайна сметка това причинява повреди в работата на биогазовия генератор и горивната система, както и скъпоструващи ремонти.
За да се премахне корозията, първото нещо, което трябва да се направи, е монтаж на системи за премахване на H₂S от биогазовите тръбопроводи. Системата трябва да намали газообразния H₂S до по-малко от 20 ppm, преди биогазът да бъде използван като гориво. Трябва да има система за редовна проверка на корозията от H₂S в горивото. Слабите горивни системи при наличие на корозивна влага трябва да се източват или показват ускорена корозия. Газът H₂S във влагата трябва да се отстранява – корозивната влага от биогаза в системата трябва да се източва и изсушава.