Te gjeneratorët e biogazit, një nga problemet më të zakonshme është prodhimi i energjisë më i ulët sesa pritej. Kjo është shpesh rezultat i cilësisë së biogazit dhe i konsumit të pjesëve të motorrit. Biogazi ka nevojë për një përqendrim specifik metani prej 50% deri në 70% për djegien e duhur. Nëse metani i biogazit që prodhon energji është nën këtë prag, kjo është zakonisht për shkak të tretjes së dobët në digjesterin e biogazit, e lidhur me temperaturë jo optimale dhe tretje të papërbalancuar të ushqimit.
Konsumimi i pjesëve të tjera të motorit si pluga të ndërkombësimit ose injektorët e karburantit mund të jetë një tjetër shkak. Pjesët që djegin karburantin për të prodhuar energji në motor bllokohen me depozita karboni për shkak të djegies së paplotë, gjë që më pas shkakton djegie të pakontrolluar të karburantit. Në këtë rast, hapi i parë është të kontrollohet nëse ka prani metani me një analizor gazrash. Nëse ka, rregulloni raportin e ushqimit të digjesterit dhe temperaturën prej 35°C për tretjen mezofilike. Për pjesët e konsumuara, duhet të zëvendësoni plugat e ndërkombësimit çdo 500 orë funksionimi dhe të pastrosh injektorët e karburantit me një agjent profesional pastrimi.

Të kesh një gjenerator biogazi që shpesh fiket dhe funksionon me ndërprerje mund të jetë jashtëzakonisht i irritueshëm për ata që kanë nevojë për energji elektrike të vazhdueshme. Suplimente të papërshtatshme biogazi dhe rregullatorë shtypi të defektuar mund të shkaktojnë këtë fenomen. Në një digjester, prodhimi i biogazit mund të jetë i papërshtatshëm dhe të shkaktojë lëkundje në prodhim, nëse ka ushqime që duhet shtuar, ose nëse ka rrjedhje në sistemin e mbledhjes së gazit. Për më tepër, një shtypje gazi që bie poshtë një pragu të caktuar shkakton që një gjenerator me motor të punojë me vonesa dhe të ndalet.
Një tjetër burim i këtij problemi janë regulatorët e presionit të dëmtuar. Regulatori i presionit të motorit me biogaz kontrollon sasinë e biogazit që lejohet të hyjë në motor, dhe nëse një regulator i tillë është i dëmtuar, rrjedha e biogazit bëhet e papalështë dhe mund të shkaktojë mospunimin e sistemit. Për të korrigjuar papastërtinë e vazhdueshme të sistemit, gjëja e parë që duhet bërë është riparimi i rrëfimeve të sistemit të mbledhjes së gazit dhe ruajtja e një plani për prodhimin e biogazit, duke eliminuar rezervën e materieve ushqyese për të parandaluar instabilitetin e prodhimit. Kontrolloni përbërësit e rrjedhjes së biogazit në regulatorët e presionit për dëmtime ose bllokimet, në mënyrë që sistemi të funksionojë pa pushim. Nëse një regulator është i dëmtuar, zëvendësoni atë me një regulator cilësor presioni për sistemin e biogazit, për të siguruar një rrjedhje të optimizuar të vazhdueshme.
Biogazi është një karburant më i pastër se dielli, por disa gjeneratorë ende prodhojnë ndotës të tepërt si NOx dhe CO. Kjo problematikë shkaktohet nga sisteme të papërmundrajuara djegieje në motorët e vjetër të biogazit dhe përzierja e dobët e ajrit me karburant. Nëse pajisjet e djegies së biogazit marrin shumë pak ajër, djegia e pafullt prodhon sasi të tepërt CO. Për tu kundërt, sasia e tepërt e ajrit prodhon NOx për shkak të temperaturave të larta në kamerën e djegies.
Kontribut për këtë problem mund të vijë nga motorë më të vjetër që nuk kanë teknologji të reja për kontrollin e emisioneve. Kontrolli i emisioneve mund të arrihet thjesht duke optimizuar raportin ajër-dukje. Shumica e gjeneratorëve të biogazit kanë një ventil marrjeje ajri – rregulloni këtë për të siguruar një raport volumik 10:1 të biogazit. Analizatorët e emisioneve mund të ofrojnë matje të saktë të sistemit dhe të kontrollojnë perzierjen ajër-dukje deri në pikën që emisionet bien nën standardet rajonale të parashikuara. Konvertuesit katalitik të dizajnuar për motorë biogazi mund të instalohen në motorë më të vjetër për të reduktuar ndotësit. Ndotalësit gazor mund të kthehen në avull uji të padëmshëm dhe CO2. Mirëmbajtja e motorrit do të mbajë gjithashtu emisionet të ulëta, për shembull, duke hapur kalimin e ajrit pas 200 orësh funksionimi.
Kur koha ndryshon ose gjeneratori qëndron për periudha të gjata, përdoruesit shpesh e gjejnë të vështirë të nisë gjeneratorin e biogazit. Shtypje e ulët biogazi, motorë me temperaturë të ulët dhe bateri të skuqura janë fajtorët më të mundshëm. Problemet e nisjes për shkak të shtypjes së ulët të biogazit shkaktohen nga shtypja e ulët. Pa shtypje të mjaftueshme, sistemi përballet me vështirësi për të dërguar gaz në kamerën e djegies së motorrave, dhe ndezja bëhet pothuajse e pamundur.
Kohët e ftohta kanë një ndikim negativ në djegien. Në fakt, djegia e motorit të ftohtë me biogaz dhe nisja e palëkundshme e gjeneratorit mund të ngjajnë sikur ai të jetë i ndezur por nuk po digjet. Bateritë e vdekur për shkak të qendrimit të pikës së ndezjes janë gjithashtu një shkak i shpeshtë nëse gjeneratori nuk është përdorur për javë. Problemet e nisjes mund të zgjidhen duke identifikuar së pari burimin e problemit në sistemin e biogazit. Nëse presioni është i ulët, konsideroni se digjesteri duhet të funksionojë për 24 deri në 48 orë. Në kohë të ftohtë, 1 deri në 2 orë ngrohje duke përdorur një ngrohës blloku motori. Për bateritë e vdekur, ngarkoni ngarkuesin portativ për 4 deri në 6 orë, dhe kontrolloni sistemin e ndezjes për të siguruar që po funksionon.
Korozioni i përbërësve të gjeneratorit të biogazit, si tubat ose valvulat, është një problem i fshehtë që përkeqëson në mënyrë të pandalshme gjeneratorët e biogazit. Biogazi përmban një përqindje të vogël të sulfidit të hidrogjenit. Kur biogazi dhe H₂S gjenden në një sistem të mbyllur me lagështi, ndodh një reaksion kimik që bëhet korroziv. Nëse përbërësit e hershëm të gjeneratorit të biogazit nuk riparohen ose zëvendësohen në kohë, rezultati është një gjenerator biogazi me një problem rrjedhjeje korrozive H₂S. Më në fund, kjo shkakton probleme operative në sistemin e gjeneratorit të biogazit dhe të karburantit, si dhe riparime të shtrena.
Për të eliminuar korozionin, gjëja e parë që duhet bërë është të instaloni sisteme heqjeje të gazit H₂S nga biogazi në tubacionet e biogazit. Sistemi duhet të eliminojë gazin H₂S në më pak se 20 ppm para se të përdoren karburantet e biogazit. Dukej një sistem për kontroll të rregullt të korrozionit të karburantit nga H₂S. Sistemet e dobëta të karburantit nën veprimin e lagështisë korrozive duhet të zbrazën ose kanë korozion të përshpejtuar. Gazin e aktivizuar H₂S në lagështi duhet ta zbrazë dhe të tharë lagështinë korrozive të biogazit brenda sistemit.