Rovnako ako každé iné komplexné zariadenie, aj bioplynové generátorové súpravy môžu mať určité problémy. Môže ísť o nestabilný výkon elektrickej energie, ťažkosti so štartovaním, zvláštne zvuky alebo vysoké emisie. Príčinou často býva kvalita bioplynu, motory alebo nedostatočná údržba. Včasné zistenie týchto problémov je nevyhnutné, aby nedošlo k zastaveniu prevádzky generátora.

Keď sa pozriete na výkon generátora, kvalita bioplynu je najdôležitejšia. Ak je kvalita bioplynu nízka, môžu nastať problémy spôsobujúce neúplné spaľovanie a ucpávanie komponentov. Na odstránenie týchto problémov začnite kontrolou zloženia bioplynu, najmä obsahu metánu. Porovnajte obsah metánu s optimálnymi hladinami metánu potrebnými pre najlepší výkon generátora. Potom skontrolujte, či spracovanie plynu, vrátane odvlhčovania a filtrovania, funguje správne. Ak sú prítomné nejaké vlhkosti alebo nečistoty, problém môžete odstrániť výmenou filtrov alebo sušičiek.
Opotrebovanie dielov motora môže byť veľmi problematické. Generátorové súpravy na bioplyn nefungujú bez funkčných motorov. Poškodené alebo znečistené sviečky môžu byť príčinou problémov pri štarte alebo nestabilného spaľovania. Preto skontrolujte a v prípade potreby vymeňte sviečky. Znížený výkon môže byť spôsobený zanesenými palivovými vstrekovačmi, preto ich v prípade prerušenia toku paliva vyčistite alebo vymeňte. Znečistený vzduchový filter obmedzuje prívod vzduchu, čo ovplyvní aj proces spaľovania. Preto je potrebné vzduchové filtre pravidelne čistiť alebbo vymieňať.
Problémy s elektrickým systémom generátora môžu mať za následok nefunkčnosť generátora alebo jeho zastavenie počas prevádzky. Začnite kontrolou batérie, či je nabitá, a uistite sa, že sú batériové konektory pevne pripevnené a čisté. Ďalej skontrolujte alternátor na prípadné poškodenia a uvoľnené káble pripojené do alebo z alternátora a príslušných obvodov. Potom skontrolujte, či riadiaca jednotka funguje a všetky snímače sú funkčné. Chybné snímače môžu spôsobiť nesprávnu prevádzku alebo vyvolávať falošné poplachy.
Ak sa problémom s prehrievaním neprekára včas, môže dôjsť k poškodeniu agregátu. Problémy s prehrievaním môžu byť spôsobené zle udržiavaným chladiacim systémom, upchatými vetracími otvormi alebo preťažením agregátu. Začnite základnou kontrolou chladiaceho systému, či je dostatok chladiacej kvapaliny a či radiátor alebo chladiaci ventilátor fungujú správne. Ak je hladina chladiacej kvapaliny nízka, doplňte vhodný typ chladiacej kvapaliny. Ak chladiaci ventilátor nefunguje, skontrolujte motor a elektrické zapojenie ventilátora. Následne skontrolujte, či nie sú vetracie otvory upchaté nečistotami a prípadne ich vyčistite. Okrem toho skontrolujte, či nie je agregát preťažený, a znížte zaťaženie, ak presahuje odporúčanú hranicu.
Aby bolo možné vykonávať čo najlepšiu preventívnu údržbu, zaznamenajte si čas a dôvod, prečo bola údržba vykonaná a zaznamenaná. Údržba bude plánovať pravidelné úlohy vrátane výmeny oleja, čistenia filtrov, kontroly komponentov a testovania výkonu generátora. Údržba generátora bude zahŕňať testovanie výkonu a plánovanie údržby, ktoré zvyčajne zahŕňa výmenu oleja, čistenie filtrov a kontrolu a testovanie výkonu generátora. To umožní sledovať výkon generátora v priebehu času a zaznamenávanie údržbových úloh, čo v priebehu času odhalí problémy so výkonom generátora. Plánovanie údržby generátora tak bude zobrazovať pravidelnú údržbu ako výmenu oleja, čistenie filtrov a kontrolu komponentov. Navyše by mali byť operátori školení, aby sa predišlo eskalácii problémov. Skoré príznaky problémov zahŕňajú základné kontroly. Automatické zaznamenávanie údržby a výkonu pravdepodobne umožní pridať viac úloh k zostávajúcemu oleju, čisteniu filtrov a testovaniu výkonu generátora, čím sa zvýši počet zaznamenaných úloh pre efektívnejšiu detekciu nízkeho stavu oleja, čistenie filtrov a kontrolu výkonu generátora, čo umožní efektívnejšiu eskaláciu.