Tulad ng anumang kumplikadong makina, ang mga biogas generator set ay nakakaranas ng ilang problema. Maaaring ibig sabihin nito ay hindi matatag na output ng kuryente, problema sa pagsisimula, kakaibang tunog, at mataas na antas ng emissions. Madalas na dulot ng mga ito ay ang kalidad ng biogas, mga bahagi ng engine, o kakulangan sa pagpapanatili. Mahalaga ang maagang pagkilala sa mga problemang ito upang maiwasan ang pagtigil ng generator set.

Kapag tiningnan ang pagganap ng generator, ang kalidad ng biogas ang pinakamahalaga. Kapag mababa ang kalidad ng biogas, maaaring magkaroon ng mga problema tulad ng hindi kumpletong pagsusunog at pagkabutas ng mga bahagi. Upang malutas ang mga problemang ito, umpisahan sa pagsuri sa komposisyon ng biogas, lalo na ang nilalaman ng methane. Ihambing ang antas ng methane sa optimal na antas ng methane na kailangan ng generator para sa pinakamahusay na pagganap. Pagkatapos, suriin kung maayos bang gumagana ang pagpoproseso ng gas, kasama na rito ang pagpapatuyo at pag-filter nito. Kung mayroong anumang kahalumigmigan o dumi, maaaring ayusin ito sa pamamagitan ng pagpapalit ng mga filter o dryer.
Ang pagsusuot at pagkasira sa mga bahagi ng engine ay maaaring magdulot ng malubhang problema. Hindi gumagana ang mga biogas generator kung ang engine ay hindi maayos. Ang masirang o maruming spark plug ay maaaring sanhi ng problema sa pagsisimula o hindi matatag na pagsusunog. Kaya, suriin at palitan ang mga spark plug kung kinakailangan. Ang mahinang output ng kuryente ay maaaring dulot ng mga clogged fuel injector, kaya siguraduhing linisin o palitan ang mga ito kung may pagbabago sa daloy ng gasolina. Ang maruming air filter ay naglilimita sa hangin na pumapasok, kaya maapektuhan din ang proseso ng pagsusunog. Kaya, kailangang regular na linisin o palitan ang mga air filter.
Ang mga isyu sa electrical system ng generator ay maaaring magdulot ng hindi pag-andar nito o pag-stall habang gumagana. Magsimula sa baterya sa pamamagitan ng pag-check kung may sapat na singil at tiyaking mahigpit na nakakabit at malinis ang mga konektor ng baterya. Susunod, suriin ang alternator para sa anumang pinsala at mga nakalilikha o nakalabas na kable, pati na ang mga kaugnay na circuit. Pagkatapos, tingnan kung gumagana ang control panel at lahat ng sensor. Ang mga sirang sensor ay maaaring magdulot ng maling paggana o mag-trigger ng pekeng babala.
Kung hindi agad naaasikaso ang mga problema sa sobrang pag-init, maaaring magdusa ng pinsala ang isang generator set. Maaaring dulot ng mahinang pangangalaga sa sistema ng paglamig, nakabara na mga bentilasyon, o sobrang karga ang sobrang init. Magsimula sa pangunahing pagsusuri sa sistema ng paglamig upang makita kung sapat ang antas ng coolant o kung gumagana ang radiator o cooling fan. Kung mababa ang antas ng coolant, siguraduhing idagdag ang tamang uri ng coolant. Kung hindi gumagana ang cooling fan, suriin ang motor at wiring ng fan para sa anumang problema. Pagkatapos nito, suriin ang mga bentilasyon kung may natipong dumi o debris at linisin kung ganoon. Suriin din kung sobrang karga ang generator sa pamamagitan ng pagbawas ng karga kung ito ay lumalampas sa inirerekomendang limitasyon.
Upang maisagawa ang pinakamahusay na posibleng pag-iwas sa pagkasira, talaan ang oras at dahilan kung bakit isinagawa at narekord ang pagpapanatili. Ang programa ng pagpapanatili ay magtatakda ng mga regular na gawain tulad ng pagpapalit ng langis, paglilinis ng filter, pagsuri sa mga bahagi, at pagsusuri sa pagganap ng generator. Kasama sa pagpapanatili ng generator ang pagsusuri sa pagganap, at karaniwang kasama sa programa ang pagpapalit ng langis, paglilinis ng mga filter, at pagsusuri at pagsusuri sa pagganap ng generator. Hahayaan nito na matala ang pagganap ng generator sa loob ng isang panahon, at dahil sa pagganap ng generator sa paglipas ng panahon, makikita ng programa ng pagpapanatili ang mga regular na gawain, pagre-rekord ng mga gawaing pangpapanatili, pagsusuri sa pagganap ng generator, at ang iskedyul ng pagganap ng pagpapanatili ay magsasama ng pagpapalit ng langis, paglilinis ng mga filter, at pagsusuri at pagsusuri sa pagganap ng generator. Hahayaan nito ang pagsubaybay sa pagganap ng generator sa loob ng isang tiyak na panahon, at ang pagre-rekord ng mga gawaing pangpapanatili ay hahayaan upang mailantad ang mga problema sa pagganap ng generator. Hahayaan nito ang programa ng pagpapanatili ng generator na ipakita ang rutinang pagpapanatili para sa pagpapalit ng langis, paglilinis ng filter, at pagsusuri sa mga bahagi. Bukod dito, dapat sanayin ang mga operator upang maiwasan ang paglala ng mga problema. Ang mga maagang senyales ng problema ay kasama ang mga pangunahing pagsusuri. Ang awtomatikong pagre-rekord ng pagganap sa pagpapanatili ay maaaring magpayagan ng mas maraming gawain na idagdag sa natitirang langis, paglilinis ng mga filter, at pagsusuri sa pagganap ng generator upang mapataas ang mga gawaing pagre-rekord para sa mas epektibong pag-alis ng mababang langis, paglilinis ng mga filter, at pagsusuri sa pagganap ng generator upang higit na mapabilis ang pagtugon.