Pro bezpečný provoz generátorů na zemní plyn a ochranu jejich dílů před poškozením je rozhodující čistota paliva. Zásobovaný plyn musí obsahovat minimální množství nečistot a kontaminanty musí splňovat určité směrnice, zejména pokud jde o sloučeniny síry, vlhkost a pevné částice. Koncentrace síry například musí být udržována pod 20 mg/m³, aby nedošlo ke korozi dílů motoru a ucpání vstřikovačů paliva. Při přílišné vlhkosti může dojít k zablokování palivového systému kvůli tvorbě ledu za chladného počasí, což omezí tok paliva a sníží výkon. Prach a pevné částice mohou poškrábávat vnitřní díly motoru, čímž se snižuje životnost generátoru a zvyšuje potřeba údržby. Pokud jsou splněny normy čistoty, bude generátor pracovat efektivně a poruchy jednotlivých dílů budou předvídatelné.

Dostatečný tlak plynu a průtok jsou klíčové pro spolehlivý provoz generátorů na zemní plyn. Různé velikosti a typy generátorů mají odlišné specifické požadavky na tlak plynu. Většina generátorů však vyžaduje tlak plynu v rozmezí 3,5 až 7 psi na vstupních bodech. Pokud je tlak příliš nízký, generátor nedostane dostatek paliva k pokrytí požadovaného výkonu a dojde k výpadku napájení nebo úplnému vypnutí. Je-li tlak příliš vysoký, může dojít k poškození regulačního ventilu paliva a jiných ochranných komponent. Také dodávaný průtok paliva musí odpovídat maximální spotřebě generátoru. Například při provozu za plného zatížení vyžadují generátory o výkonu 100 kW průtok 10 kubických stop za minutu (cfm). Pro spolehlivý provoz generátoru by dodávka plynu měla zajistit dostatečný průtok i tlak.
Každý typ směsi zemního plynu využívá různé způsoby spalování, složení zemního plynu musí být dostatečně kvalitní, aby bylo spalování v generátoru účinné a emise omezené. Pro efektivní palivovou směs musí mít zemní plyn minimálně 85 % methanu, což je hlavní palivo, a musí se tedy spalovat čistě a efektivně, aby byly splněny přísné emisní limity. Ethan a propan mohou být ve směsi přítomny, ale pouze v malých procentech, zpravidla méně než 10 %; vyšší obsah by změnil spalování hořlavých paliv. Pokud dochází k neúplnému spalování paliva, stoupají emise NOx a CO a snižuje se účinnost spalování v generátoru. Dále musí být palivo ve zemním plynu správně spalováno.
Pro udržení dlouhodobé spolehlivosti palivového systému generátoru musí být zemní plyn kompatibilní s materiály a součástkami použitými v palivovém systému. Potrubí, hadice a těsnění a další součásti palivového systému jsou vyrobeny z nerezové oceli, mosazi nebo speciálního polymeru. Zemní plyn je nekorozivní, ale příměsi v plynu, jako je sirovodík, mohou napadat železo a vytvářet korozivní sloučeniny. Tato koroze může způsobit nebezpečný únik a narušit provoz generátoru, protože oslabené potrubí může být nebezpečné a začít netěsnit. Protipaliva, která obsahují rozpouštědla nebo oleje, mohou rozpustit těsnění a hadice palivového systému. Součástky generátorů prodlužují životnost palivového systému a šetří náklady na údržbu.
Používání generátoru na zemní plyn znamená, že musíte vždy dodržovat bezpečnostní a shodné normy pro plyn. Zásobování plynem musí splňovat bezpečnostní normy na místní i mezinárodní úrovni. Mezinárodní normy Americké asociace pro ochranu proti požáru (National Fire Protection Association) a Mezinárodní organizace pro normalizaci (ISO) stanovují bezpečné skladování, přepravu a dopravu plynu k generátoru, a palivové systémy generátoru musí být chráněny proti úniku plynu a riziku výbuchu. Například plynovody musí být řádně izolovány, pravidelně testovány pod tlakem a vybaveny rychlými uzavíracími ventily umístěnými na strategických místech, aby bylo možné zastavit tok plynu v případě nouze. Generátor musí splňovat místní environmentální předpisy týkající se emisí NOx, CO a tuhých částic. Bezpečnostní a shodné normy při používání paliva chrání osoby a majetek a umožňují provoz generátoru v daném místě zásobování plynem z hlediska právního dohledu.