For at kunne betjene naturgassgeneratorer sikkert og beskytte deres dele mod skader, er brændselsrenhed afgørende. Den leverede gas skal indeholde et minimalt antal urenheder, og forureningerne skal overholde visse retningslinjer, især med hensyn til svovlforbindelser, fugt og partikler. Koncentrationen af svovl skal for eksempel holdes under 20 mg/m³ for at undgå korrosion af motordelene og tilstoppede brændstofindsprøjtningsdyser. Hvis der er for meget fugt til stede, kan brændstofsystemet blokeres på grund af isdannelse under kolde vejrforhold, hvilket vil begrænse brændstofstrømmen og mindske effektydelsen. Støv og snavspartikler kan ridse motorens indre dele, hvilket formindsker generatorens levetid og øger behovet for vedligeholdelse. Hvis renhedsstandarder overholdes, vil generatoren fungere effektivt, og fejl i nogen dele vil være forudsigelige.

Tilstrækkeligt gastryk og flowhastighed er afgørende for, at naturgasgeneratorer kan yde pålideligt. Forskellige generatorstørrelser og typer vil have forskellige specifikke krav til gastryk. De fleste generatorer har dog krav til gastryk på 3,5 psi til 7 psi ved indgangspunkterne. Hvis gastrykket er for lavt, får generatoren ikke nok brændstof til at opfylde effektbehovet, og den vil miste strøm eller helt gå i stå. Hvis gastrykket er for højt, vil det sprænge brændstofsregulatoren og andre beskyttende dele. Desuden skal tilført brændstofstrøm være lig med generatorens maksimale brændstofforbrug. For eksempel vil en 100 kW naturgasgenerator under fuld belastning kræve flowhastigheder på 10 kubikfod per minut (cfm). For pålidelig generatorperformance bør gassystemet opretholde tilstrækkelige flowhastigheder og tryk.
Alle typer naturgasmiks bruger forskellige antændelsesmetoder; sammensætningen af naturgas skal være i overensstemmelse med kravene, så generatoren kan antænde effektivt og med begrænsede emissioner. Naturgas skal indeholde mindst 85 % metan for at opnå en effektiv brændstofblanding, da det er hovedbrændstoffet, hvilket betyder, at det skal brænde rent og effektivt for at opfylde strenge krav til forbrændingsemissioner. Ætangas og propangas kan forekomme i brændstoffet, men kun i små mængder, typisk under 10 %; for meget vil ændre på den brændbare brændstofs adfærd. Hvis den brændbare brændstof ikke brænder fuldstændigt, øges udledningen af NOx og CO, og generatorens forbrændingseffektivitet nedsættes. Derudover skal brændstoffet kunne antændes i naturgas.
For at opretholde en generators brændstofsystems langsigtede pålidelighed. Naturgas skal være kompatibel med de materialer og komponenter, der anvendes i brændstofsystemet. Rør, slanger og tætninger samt andre brændstofsystemkomponenter er fremstillet af rustfrit stål, messing eller et specielt polymer. Naturgas er ikke ætsende, men urenheder i gassen, såsom svovlbrinte, kan korrodere jern og danne ætsende forbindelser. Denne korrosion kan føre til farlige utætheder og forstyrre generatorens drift, da svage rør kan blive farlige og lække. Antibrændstoffer, som opløsningsmidler eller olier kan opløse tætninger og slanger i brændstofsystemet. Generatorkomponenter forbedrer brændstofsystemets levetid og vedligeholdelsesomkostninger.
Brug af en naturgasgenerator betyder, at du altid skal overholde gassikkerheds- og overensstemmelsesstandarder. Gassforsyningen skal opfylde sikkerhedsstandarder på både lokalt og internationalt plan. United States National Fire Protection Association og Den Internationale Standardiseringsorganisation (ISO) fastlægger internationale standarder for sikkert lagring, transport og levering af gas til generatoren, og generatorens gassystemer skal være sikret mod gashuller og eksplosionsfare. For eksempel skal gasrørledninger isoleres korrekt, regelmæssigt testes for tryk og udstyres med hurtigtilsluttede lukkeventiler ved strategiske placeringer for at standse gasstrømmen i nødstilfælde. Generatoren skal overholde lokale miljølove for udledning af NOx, CO og partikler. Sikkerheds- og overensstemmelsesstandarder ved brug af brændstof beskytter personer og ejendele og sikrer, at generatoren lovligt kan anvendes på det pågældende sted med gassforsyning.