For å trygt kunne drive naturgassgeneratorer og beskytte deres deler mot skade, er det avgjørende med høy brenselkvalitet. Den tilførte gassen må inneholde et minimalt antall urenheter, og forurensningene må overholde visse retningslinjer, spesielt når det gjelder svovelforbindelser, fuktighet og partikler. Konsentrasjonen av svovel må for eksempel holdes under 20 mg/m³ for å unngå korrosjon på motordele og tettsetting av brenselsinnsprøytninger. Hvis det er for mye fuktighet, kan drivstoffsystemet blokkeres på grunn av isdannelse i kaldt vær, noe som vil begrense brenselstrømmen og redusere effekten. Støv og partikler kan skrape de indre motordelene, noe som forkorter generatorens levetid og øker behovet for vedlikehold. Hvis renhetskravene overholdes, vil generatoren fungere effektivt og feil på deler vil være forutsigbare.

Tilstrekkelig gass trykk og strømningshastighet er avgjørende for at naturgassgeneratorer skal kunne fungere pålitelig. Forskjellige generatorstørrelser og typer vil ha ulike spesifikke krav til gass trykk. De fleste generatorer har imidlertid krav til gass trykk på 3,5 psi til 7 psi ved innløpspunktene. Hvis gass trykket er for lavt, vil generatoren ikke få nok drivstoff til å dekke effektbehovet og vil enten miste kraft eller gå helt ned. Hvis gass trykket er for høyt, kan det føre til brudd på brennstoffregulatoren og andre beskyttende deler. I tillegg må tilført brennstoffstrøm være lik generatorens maksimale forbruk. For eksempel vil en 100 kW naturgassgenerator under full last kreve strømningshastigheter på 10 kubikkfot per minutt (cfm). For pålitelig generatorytelse bør gassforsyningen opprettholde tilstrekkelige strømningshastigheter og trykk.
Hver type naturgassblanding bruker ulike forbrenningsmetoder, og sammensetningen av naturgassen må være tilstrekkelig for at generatoren skal ha effektiv forbrenning og lave utslipp. Naturgass må inneholde minst 85 % metan for en effektiv brennstoffblanding, samt være hovedbrennstoffet, noe som betyr at det må brene rent og effektivt for å oppfylle strenge krav til forbrenningsutslipp. Etan og propan kan forbrennes i brennstoffet, men må være i små andeler, vanligvis under 10 %. For mye vil endre forbrenningsegenskapene til brennbare gasser. Hvis forbrenningen av brennbare stoffer er ufullstendig, øker utslippene av NOx og CO, og generatorens forbrenningseffektivitet reduseres. Det må også være brenning av brennstoff i naturgassen.
For å opprettholde langsiktig pålitelighet i en generators drivstoffsystem. Naturgass må være kompatibel med materialene og komponentene som brukes i drivstoffsystemet. Rør, slanger og tetninger, og andre drivstoffsystemkomponenter, er laget av rustfritt stål, messing eller et spesielt polymer. Naturgass er ikke-korrosiv, men urenheter i gassen, som hydrogen sulfid, kan korrodere jern og danne korrosjonsfremkallende forbindelser. Denne korrosjonen kan føre til farlige lekkasjer og forstyrre driften av generatoren, ettersom svake rør kan bli farlige og lekke. Antibrannstoffer som løsemidler eller oljer kan oppløse tetninger og slanger i drivstoffsystemet. Generatorkomponenter forbedrer levetiden til drivstoffsystemet og reduserer vedlikeholdskostnader.
Bruk av en naturgassgenerator betyr at du alltid må følge gassikkerhets- og samsvarskrav. Gassforsyningen må oppfylle sikkerhetsstandarder på både lokal og internasjonal nivå. United States National Fire Protection Association og Internasjonale standardiseringsorganisasjonen (ISO) har utarbeidet internasjonale standarder for trygg lagring, transport og levering av gass til generatoren, og gassdrivstoffsystemene i generatoren må være sikret mot gasslekkasje og eksplosjonsfare. For eksempel må gassrørlegging være korrekt isolert, regelmessig trykktestet og utstyrt med hurtigavstengningsventiler plassert strategisk for å stoppe gassstrømmen i nødssituasjoner. Generatoren må overholde lokale miljøforskrifter for utslipp av NOx, CO og partikler. Sikkerhets- og samsvarskrav ved bruk av drivstoff beskytter mennesker og eiendeler, og gjør at generatoren er lovlig å betjene i det aktuelle gassforsyningsområdet ifølge myndighetenes krav.