प्राकृतिक गैस जनरेटर को सुरक्षित रूप से संचालित करने और उनके भागों को क्षतिग्रस्त होने से बचाने के लिए, ईंधन की शुद्धता महत्वपूर्ण है। आपूर्ति की जा रही गैस में अशुद्धियों की संख्या न्यूनतम होनी चाहिए, और प्रदूषकों को गंधक यौगिकों, नमी और कणों के संबंध में निश्चित दिशानिर्देशों को पूरा करना चाहिए। उदाहरण के लिए, इंजन के भागों के क्षरण और ईंधन इंजेक्टरों के अवरोध को रोकने के लिए गंधक की सांद्रता 20 मिग्रा/मी³ से कम रखी जानी चाहिए। यदि बहुत अधिक नमी मौजूद है, तो ठंडे मौसम के दौरान बर्फ के निर्माण के कारण ईंधन प्रणाली अवरुद्ध हो सकती है, जिससे ईंधन के प्रवाह में रुकावट आएगी और बिजली उत्पादन प्रभावित होगा। धूल और गंदगी के कण इंजन के आंतरिक भागों को खरोंच सकते हैं, जिससे जनरेटर के जीवनकाल में कमी आएगी और रखरखाव की आवश्यकता बढ़ जाएगी। यदि शुद्धता मानकों को पूरा किया जाता है, तो जनरेटर दक्षता से काम करेगा और किसी भी भाग की विफलता का पूर्वानुमान लगाया जा सकेगा।

प्राकृतिक गैस जनरेटर के लिए विश्वसनीय रूप से बिजली प्रदान करने के लिए पर्याप्त ईंधन दबाव और प्रवाह दर आवश्यक है। विभिन्न आकार और प्रकार के जनरेटरों के लिए विशिष्ट गैस दबाव की आवश्यकता अलग-अलग होती है। हालाँकि, अधिमानतः अधिकांश जनरेटरों के प्रवेश बिंदुओं पर 3.5 psi से 7 psi के बीच गैस दबाव की आवश्यकता होती है। यदि गैस दबाव बहुत कम है, तो जनरेटर को बिजली की मांग पूरी करने के लिए पर्याप्त ईंधन नहीं मिलेगा और वह बिजली खो देगा या पूरी तरह से बंद हो जाएगा। यदि गै दबाव बहुत अधिक है, तो ईंधन नियामक और अन्य सुरक्षात्मक भाग फट सकते हैं। साथ ही, आपूर्ति की गई ईंधन प्रवाह दर जनरेटर की अधिकतम ईंधन खपत के बराबर होनी चाहिए। उदाहरण के लिए, पूर्ण भार पर चलते समय, 100 kW प्राकृतिक गैस जनरेटर को 10 घन फुट प्रति मिनट (cfm) की प्रवाह दर की आवश्यकता होगी। विश्वसनीय जनरेटर प्रदर्शन के लिए, गैस आपूर्ति पर्याप्त प्रवाह दर और दबाव बनाए रखनी चाहिए।
प्राकृतिक गैस के हर प्रकार के मिश्रण में जलने के अलग-अलग तरीके का उपयोग होता है, जनरेटर के लिए दहन दक्षता और उत्सर्जन को सीमित रखने के लिए प्राकृतिक गैस की संरचना उचित स्तर की होनी चाहिए। एक दक्ष ईंधन मिश्रण के लिए प्राकृतिक गैस में मीथेन की न्यूनतम मात्रा 85% होनी चाहिए, जो मुख्य ईंधन है, इसका अर्थ है कि यह साफ और दक्षतापूर्वक जलना चाहिए ताकि कठोर ज्वलन उत्सर्जन मानकों को पूरा किया जा सके। ईंधन में एथेन और प्रोपेन भी जल सकते हैं, लेकिन उनका प्रतिशत कम होना चाहिए, ज्यादातर 10% से कम, बहुत अधिक मात्रा ज्वलनशील ईंधन के जलने की प्रक्रिया को बदल देगी। यदि ईंधन का दहन पूर्ण नहीं होता है, तो NOx और CO के उत्सर्जन में वृद्धि होगी और जनरेटर की दहन दक्षता कम हो जाएगी। साथ ही, प्राकृतिक गैस में ईंधन का जलना आवश्यक है।
जनरेटर के ईंधन प्रणाली की दीर्घकालिक विश्वसनीयता बनाए रखने के लिए। प्राकृतिक गैस ईंधन प्रणाली में उपयोग की जाने वाली सामग्री और घटकों के साथ संगत होनी चाहिए। पाइप, होज़ और सील, और अन्य ईंधन प्रणाली घटक, स्टेनलेस स्टील, पीतल या एक विशेष पॉलिमर से बने होते हैं। प्राकृतिक गैस गैर-संक्षारक होती है, और गैस में मौजूद अशुद्धियाँ, जैसे हाइड्रोजन सल्फाइड, लोहे को संक्षारित कर सकती हैं और संक्षारक यौगिक बना सकती हैं। इस संक्षारण के कारण खतरनाक रिसाव हो सकता है और जनरेटर के संचालन में बाधा आ सकती है, क्योंकि कमजोर पाइप खतरनाक हो सकते हैं और रिसाव कर सकते हैं। एंटीफ्यूल्स जो विलायक या तेल ईंधन प्रणाली की सील और होज़ को घोल सकते हैं। जनरेटर घटक ईंधन प्रणाली के आयुष्य और रखरखाव के खर्च में सुधार करते हैं।
प्राकृतिक गैस जनरेटर का उपयोग करने का अर्थ है कि आपको हमेशा गैस सुरक्षा और अनुपालन मानकों का पालन करना चाहिए। गैस आपूर्ति स्थानीय और अंतरराष्ट्रीय स्तर पर सुरक्षा मानकों को पूरा करनी चाहिए। संयुक्त राज्य अमेरिका राष्ट्रीय अग्नि सुरक्षा संगठन और अंतरराष्ट्रीय मानकीकरण संगठन (ISO) के अंतरराष्ट्रीय मानक जनरेटर तक सुरक्षित गैस भंडारण, परिवहन और वितरण को रेखांकित करते हैं, और जनरेटर के गैस ईंधन प्रणाली को गैस रिसाव और विस्फोट की संभावना से मुक्त रहना चाहिए। उदाहरण के लिए, गैस पाइपलाइनों को उचित ढंग से इन्सुलेट किया जाना चाहिए, नियमित रूप से दबाव परीक्षण किया जाना चाहिए, और आपातकालीन स्थिति में गैस प्रवाह को रोकने के लिए रणनीतिक स्थानों पर त्वरित बंद वाल्व शामिल होने चाहिए। जनरेटर को अपने NOx, CO और कणिका पदार्थ उत्सर्जन के लिए स्थानीय पर्यावरण कानूनों को पूरा करना चाहिए। ईंधन के उपयोग से संबंधित सुरक्षा और अनुपालन मानक लोगों और संपत्ति की रक्षा करते हैं, और लागू करने वाली प्राधिकरणों के लिए, गैस आपूर्ति स्थान पर जनरेटर को कानूनी रूप से संचालित करने योग्य बनाते हैं।