Jotta kaasugeneraattoreita voidaan käyttää turvallisesti ja suojata niiden osia vaurioitumiselta, polttoaineen puhdistusaste on ratkaisevan tärkeää. Syötettävä kaasu saa sisältää vain vähäisen määrän epäpuhtauksia, ja saastelaitteiden on täytettävä tietyt ohjeet, erityisesti rikkiyhdisteiden, kosteuden ja hiukkasten osalta. Rikkipitoisuus on esimerkiksi pidettävä alle 20 mg/m³, jotta moottorin osia ei syövyttäisi ja polttoainesuihkuttimet eivät tukkeutuisi. Jos kosteutta on liikaa, polttoainesysteemi voi tukkeutua jään muodostuessa kylmässä säässä, mikä rajoittaa polttoaineen virtausta ja heikentää tehontuottoa. Pöly- ja likahiukkaset voivat naarmuttaa moottorin sisäosia, mikä lyhentää generaattorin käyttöikää ja lisää huoltotarvetta. Jos puhdistusvaatimukset täyttyvät, generaattori toimii tehokkaasti ja osien vikaantuminen on ennustettavissa.

Riittävä polt Kaasupaineen ja -virran on oltava riittävät, jotta kaasugeneraattorit toimivat luotettavasti. Erilaiset generaattorikoot ja -tyypit vaativat erilaisia kaasupaineita. Useimmissa generaattoreissa kuitenkin vaaditaan kaasupainetta 3,5 psi – 7 psi syöttöpisteissä. Jos kaasupaine on liian alhainen, generaattori ei saa tarpeeksi polttoainetta vastatakseen tehontarpeeseen, ja se joko menettää tehonsa tai sammuu kokonaan. Jos kaasupaine on liian korkea, se rikkoo polttoainesäädinteen ja muut suojalaitteet. Lisäksi toimitettavan polttoaineen virran on oltava yhtä suuri kuin generaattorin maksimipolttoaineenkulutus. Esimerkiksi täydellä kuormalla käytettäessä 100 kW:n maakaasugeneraattori vaatii virtausnopeutta 10 kuutiota minuutissa (cfm). Luotettavaa generaattorin toimintaa varten kaasun syötön on ylläpidettävä riittäviä virtausnopeuksia ja painetasoa.
Kaasuseosten polttotavat vaihtelevat, ja kaasun koostumuksen on oltava riittävän laadukas, jotta generaattori pystyy saavuttamaan tehokkaan polttoon ja rajoitetut päästöt. Luonnollisessa kaasussa on oltava vähintään 85 % metaania tehokasta poltoseosta varten, koska se on pääasiallinen polttoaine, jonka on palaminen oltava puhtaasti ja tehokkaasti täyttääkseen tiukat päästömääräykset. Etania ja propaania voidaan polttaa polttoaineessa, mutta niiden osuuden on oltava pieni, yleensä alle 10 %; liian suuri määrä muuttaa palavan polttoaineen ominaisuuksia. Jos polttoaineen palaminen on epätäydellistä, NOx- ja CO-päästöt lisääntyvät ja generaattorin polttohyötysuhde heikkenee. Lisäksi luonnollisessa kaasussa on oltava poltettavaa polttoainetta.
Jotta generaattorin polttojärjestelmän pitkäaikainen luotettavuus säilyy. Luonnonkaasun on oltava yhteensopiva polttojärjestelmässä käytettyjen materiaalien ja komponenttien kanssa. Putket, letkut ja tiivisteet sekä muut polttojärjestelmän osat on valmistettu ruostumattomasta teräksestä, messingistä tai erityispolymeeristä. Luonnonkaasu ei ole syövyttävää, mutta kaasussa olevat epäpuhtaudet, kuten rikki vedynsulfidi, voivat syödä rautaa ja muodostaa syövyttäviä yhdisteitä. Tämä syövyttäminen voi aiheuttaa vaarallisen vuodon ja keskeyttää generaattorin toiminnan, sillä heikentyneet putket voivat muuttua vaarallisiksi ja vuotaa. Antipolttoaineet, joita liuottimet tai öljyt voivat liuottaa, voivat vahingoittaa polttojärjestelmän tiivisteitä ja letkuja. Generaattorin komponentit parantavat polttojärjestelmän elinkaarta ja säästävät huoltokustannuksia.
Luonnonkaasugeneraattorin käyttö tarkoittaa, että on aina noudatettava kaasun turvallisuus- ja määräystenmukaisuusvaatimuksia. Kaasun syöttöjärjestelmän on täytettävä sekä paikalliset että kansainväliset turvallisuusstandardit. Yhdysvaltain kansallisen tulensuojausliiton (National Fire Protection Association) ja kansainvälisen standardointijärjestön (ISO) kansainväliset standardit määrittelevät turvallisen kaasun varastoinnin, kuljetuksen ja toimituksen generaattoriin, ja generaattorin kaasupolttoainesysteemien on oltava tiiviit vuotojen estämiseksi sekä räjähdysvaaran välttämiseksi. Esimerkiksi kaasuputkistojen on oltava asianmukaisesti eristetyt, niitä on testattava säännöllisesti painekokein ja niissä on oltava nopeasti sulkeutuvia venttiileitä strategisissa kohdissa estämään kaasun virtaus hätätilanteissa. Generaattorin on noudatettava paikallisia ympäristölainsäädännön vaatimuksia typenoksidien (NOx), hiilimonoksidin (CO) ja hiukkaspäästöjen osalta. Polttoaineeseen liittyvät turvallisuus- ja määräystenmukaisuusvaatimukset suojaavat ihmisiä ja omaisuutta, ja valvonnan kannalta ne tekevät generaattorista laillisesti toimivan kyseisessä kaasun toimituspaikassa.